Po stracie matki Mahito wraz ojcem opuszcza Tokio i przeprowadza się na wieś. Zdystansowany do nowej, otaczającej go rzeczywistości zaczyna odkrywać niezbadaną okolicę i dom. Pewnego dnia przypadkowo spotyka zagadkową, mówiącą ludzkim głosem czaplę siwą, która nieoczekiwanie staje się jego przewodnikiem. Ptak stopniowo pomaga chłopcu rozwikłać tajemnicę życia, zabierając go do magicznego świata, gdzie przeszłość miesza się z teraźniejszością.